Stjórn Aflsins er skipuð af 7 einstaklingum sem eru kosnir á aðalfundi Aflsins á ári hverju. Samhliða stjórn er einn áheyrnarfulltrúi en hún er starfandi ráðgjafi innan Aflsins og er kosin af ráðgjöfum Aflsins á tveggja ára fresti.

Hægt er að hafa samband við stjórn Aflsins í gegnum tölvupóst aflsins.